Taches noires avec une filtration Sterilor

Bonjour, suite à un conseil d'un ami, j'ai acheté un système de filtration à Ionisation, Sterilor Duo cuivre argent 100
Depuis j'ai changé ma piscine, 50 m2 au lieux de 75, et la coque par un encadrement en aglo recouvert d'un liner.

J'ai maintenant des taches noires indélébiles au fond de la piscine, j'ai beau essayé de changer le PH (automatique) ou le rendement du cuivre argent, l'eau est parfaitement limpide, très agréable (très peu de chlore), par contre vous imaginez ma déconvenue en voyant plein de taches un peu partout. 
J'ai même essayé de mettre du TAC, rien ne change réellement.
J'a appelé la société STERILOR, mais ils ne répondent pas au particulier, et le vendeur du produit n'en sait pas plus ...

Voilà si vous pouvez me donner quelques conseils, je vous en serais reconnaissant